تتبوأ جامعة 21 سبتمبر للعلوم الطبية والتطبيقية مكانة مرموقة في قلب المجتمع الأكاديمي، وتستمد قوتها من الهيكل التنظيمي الذي يمثل نظاماً راسخاً ومعتمداً على أسس علمية وإدارية متينة. إن هذا الهيكل التنظيمي لم يُبنى إلا بُناءً على الرؤية الاستراتيجية للجامعة التي تسعى إلى تحقيق التميز الأكاديمي وتعزيز دورها في خدمة المجتمع اليمني، في ظل ظروف صعبة.